1. Запускаем MySQL игнорируюя таблицы GRANT: mysqld_safe --skip-grant-tables
2. Инициализируем структуру данных базы, запуская: mysql_install_db
3. Обновляем системные таблицы MySQL: mysql_fix_privilege_tables
4. Меняем права на директорию базы mysql и test: chown -R mysql:mysql /var/lib/mysql/mysql/ & chown -R mysql:mysql /var/lib/mysql/test/
5. Убиваем запущенный MySQL демон: killall mysqld
6. Нормально запускаем MySQL: sh /etc/rc.d/rc.mysqld start

P.S.: less /etc/rc.d/rc.mysqld — все написано Патриком, как и что надо делать.